1、发行对象区别：凭证式国债的发行对象主要是个人以及机构，电子记账国债的发行对象仅限个人。2、兑付方式区别：凭证式国债到期后，需投资者前往承销机构网点办理兑付，电子式记账凭国债到期后，用户可通过网银中的“国债兑付”完成兑付。3、付息方式区别：凭证式国债为到期一次还本付息，电子式国债付息方式比较多样。