1、财政直接支付的流程是直接上报财政局国库支付中心；而财政授权支付的流程是需要先向财政部申请财政授权支付用款额度。2、财政直接支付是由财政部门向中国人民银行和代理银行签发支付指令；而财政授权支付是由预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令。